نشأت كلية الشريعة بمعهد أمدرمان العلمي العالي عام 1983م وكانت تضمُّ قسماً واحداً من أقسامها الحالية وهو قسم الشريعة والقانون كان القبول فيها عن طريق التقديم المباشر للكلية حيث تجرى للمتقدمين معاينات يتم بعدها القبول وظل هذا النظام قائماً حتى العام 1989م , وبعد قيام الجامعة في العام 1991م أنشئ قسما : (الاقتصاد الإسلامي والعلوم الإدارية ) ثم انفصل هذان القسمان في العام 1420هـ 1999م ليكونا كلية مختصة بهما هي كلية الاقتصاد والعلوم الإدارية ، وأنشئ في كلية الشريعة قسم جديد هو قسم الفقه وأصوله ، إضافة لقسم الشريعة والقانون .