نظمت جامعه القران الكريم والعلوم الإسلامية مؤتمرا للمنهجية المعرفية ، وكانت ثمرة ذلك إنشاء معهد المنهجية المعرفية في 12 رجب 1421 هـ ، الموافق له : 27/1/2004م ، وبقرار من مجلس أساتذة الجامعة ، اتخذ المنشاء اسم مركز بحوث القران الكريم والسنة النبوية .
والمركز مؤسسة بحثية مختصة ، ومقره مدينه امدرمان – السودان ، وهو يعنى بربط علوم الوحي بعلوم الكون من خلال العملية البحثية ووفق المنهج الذي من شانه تحقيق ذلك ، ويهتم المركز بتشجيع الباحثين وتدريبهم ، وله موقعه في الشبكة الدولية لنشر بواكير إنتاجه .
يباشر المركز أعماله من خلال مجلس علمي ، وإدارة تنفيذية ، ودوائر عملية تضم عددا من الباحثين من أعضاء هيئة التدريس بالجامعة وخارجها ، من شان هذه الدوائر العملية توثيق علاقات المركز مع المؤسسات ذات الاهتمامات المماثلة ، واستقطاب جهود المعنيين بقضية المنهجية ورد سائر العلوم إلى أصولها المعرفية .